琼斯多年来在有争议的教练特雷弗·格拉汉姆的指导下训练，他所在的位于北卡罗来纳州的Sprint Capitol公司正在接受违禁兴奋剂药品的调查，而他本人也正在被联邦陪审团调查。琼斯也在加拿大教练查理·弗朗西斯（Charlie Francis）的指导下训练过一段时间，弗朗西斯已经承认提供兴奋剂给加拿大短跑运动员本·约翰逊，约翰逊在1988年汉城奥运会创下了100米跑的世界记录后的药检呈阳性。[7][8]

2004年12月3日，巴尔科（BALCO）的创建人维克多·孔蒂（Victor Conte）在接受美国广播公司的采访时透露，他曾在2000年悉尼奥运会之前、期间和之后个人提供给琼斯5种不同的兴奋剂。在调研中，记者兰斯·威廉姆斯（Lance Williams ）和马克·费纳鲁-韦德（Mark Fainaru-Wada）也报导琼斯从BALCO得到了违禁的药品，琼斯的前夫C·J·亨特也作证亲眼看到琼斯自己注射激素类药品。[9]

在亨特的描述中，琼斯在悉尼奥运会之前就开始使用兴奋剂。[7]开始他告诉调查员，琼斯从格拉汉姆那里得到EPO，格拉汉姆从一个墨西哥人那里取得药品。后来他又说格拉汉姆拜访了孔蒂，后者开始给这位教练提供BALCO的药品，那些药品被分发到了琼斯和其它Sprint Capitol运动员手中。再后来，亨特告诉联邦调查员，琼斯开始直接从孔蒂那里获得违禁药品。

琼斯從来没有在现有的兴奋剂检查系统中查出阳性，并且也没有足够的证据表明她服用了其它类型的兴奋剂。

2006年EPO测试

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2006年6月23日在印第安纳波利斯举行的美国田径锦标赛中，玛里昂·琼斯的A瓶查出红细胞生成素（EPO）阳性，这是一种违禁的兴奋剂。《华盛顿邮报》报导了该消息。琼斯以个人原因为由缺席了在瑞士举行的田径会议。她否认使用了兴奋剂，并聘请霍华德·雅各布斯（Howard Jacobs）作为她的律师，雅各布斯曾经受理过多件类似的案子，包括蒂姆·蒙哥马利和自行车运动员弗洛伊德·兰迪斯。2006年9月6日，琼斯的律师全部B瓶检测呈阴性，这样证明琼斯是清白的。[10]

承认罪行

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2007年10月5日，琼斯在美国联邦法庭上承认自己在2000年奥运会使用了违禁药品的罪行。[1]她向法官忏悔自己在BALCO案件中做出虛假的供词。她被要求交出她持有的美国和伯利兹护照，等待1月的审讯结果。尽管最长可能被宣判5年的牢狱，律师在琼斯的认错书中提出最多判处6个月的监狱的建议。[11]

在BALCO案件中，她曾经向联邦调查局否认自己使用了肌肉增强剂（Tetrahydrogestrinone，缩写THG），她称自己一直以为两年在服用特雷弗·格拉汉姆提供的亚麻仔油。在公开信中，琼斯承认自己在2002年底前在格拉汉姆的担任教练期间使用激素类药物。她辩称在2003年联邦调查员询问她时说谎是因为她在他们出示THG的样品时她惊慌失措。在信中琼斯为自己欺骗了世界表示道歉。[1][12]

美国奥林匹克委员会主席彼得·尤伯罗斯（Peter Ueberroth）对琼斯事件的发表声明，要求琼斯立刻归还她所获得的奥运会奖牌。尤伯罗斯表示：「她的认罪迟到了很久，内心的羞愧和不诚实罪恶感令她坦承一切。」[13]国际奥委会希望琼斯在1月的审判之前归还2000年悉尼奥运会所获得的3块金牌和2块铜牌。[11]

琼斯承认服用禁药也将影响以前她获得的奖牌，其中包括她获得的众多的世界锦标赛奖牌。[14]

她因此2008年3月6日德州監獄入獄，於同年9月出獄。

禁藥事件之後

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雖然情況有如之後的藍斯·阿姆斯壯事件，反禁藥組織稱為「最精密、最完美、最成功的禁藥計畫」，但是由於自己承認被禁賽2年，也不影響其他項目的運動。

她在2010重回當初挖角的WNBA，參與土爾沙震動的隊伍，2011年7月21日退役，就此從運動界上退休。